После «революции роз» у Аслана Абашидзе не сложились отношения с Михаилом Саакашвили. В апреле 2004 года Саакашвили заявил, что «клан Абашидзе является бандой преступников, убийц и наркодилеров», после чего в мае ввёл в Аджарии прямое президентское правление. К границам автономной республики был переброшен грузинский спецназ, которому с другой стороны противостояли силы МВД Аджарии. Масштабный вооружённый конфликт был предотвращён в результате переговоров между Россией и Грузией, так как первая пообещала не противодействовать восстановлению контроля Тбилиси над автономией и вывезти из Аджарии Абашидзе в
обмен на гарантии неприкосновенности, которые Михаил Саакашвили публично дал ему в эфире центральных телеканалов. 5 мая 2004 года Абашидзе подал в отставку, а на следующий день
в Батуми прибыл самолёт с руководителем Совета безопасности РФ Игорем Ивановым, который в тот же день вывез Абашидзе в Москву.
В декабре 2005 года Генеральная прокуратура Грузии возбудила уголовное дело и объявила Абашидзе в розыск по обвинению в терроризме, превышении служебных полномочий и присвоении государственного имущества. Кроме того, по заявлению Генпрокуратуры Грузии, Аслан Абашидзе в течение многих лет препятствовал перечислению в центральный бюджет налогов из руководимой им Аджарии, что является прямым нарушением грузинского налогового законодательства и превышением служебных полномочий. Личное имущество Абашидзе, которое он не успел вывезти из Грузии, было конфисковано и выставлено на аукцион.
В окружении Саакашвили утверждали, что Аслан Абашидзе «не прекратил провокационную политическую деятельность», установив контакты с бывшим руководителем службы госбезопасности Грузии Игорем Гиоргадзе, разыскиваемым властями Грузии по обвинению в организации нескольких терактов.
В марте 2006 года против Абашидзе было выдвинуто обвинение в преднамеренном убийстве в 1991 году заместителя председателя парламента Аджарии Нодара Имнадзе. 22 января 2007 года Батумский городской суд заочно приговорил Аслана Абашидзе к 15 годам лишения свободы и выплате в бюджет Грузии около $60 млн. Был объявлен в международный розыск по линии «Интерпола».
Социальные закладки