В правительстве Гельмута Коля (всегда называвшего её «девочкой») стала министром по делам женщин и молодёжи.
С 1991 — вице-председатель Христианско-демократического союза.
В 1994 перешла на должность министра окружающей среды.
В 1998 ХДС был вынужден уйти в оппозицию, а вокруг Гельмута Коля разразился скандал по поводу незаконных внешних пожертвований на счета ХДС. Скандал коснулся также и председателя ХДС Вольфганга Шойбле, который в результате ушёл в отставку.
Ангела Меркель отреклась от Коля и потребовала от партийного актива сменить руководство ХДС и начать партийное «обновление». В апреле 2000 96 % членов партии избрали её преемницей Шойбле на посту председателя ХДС. Этот успех был особенно примечателен на фоне того, что Меркель, будучи женщиной, восточной немкой и протестанткой, крайне нетипична для этой партии.
В 2002 Меркель согласилась на выставление в качестве единой кандидатуры на пост федерального канцлера от ХДС/ХСС премьер-министра Баварии Эдмунда Штойбера. Штойбер выборы проиграл, что усилило внутрипартийные позиции Меркель. Впоследствии она преуспела в умелом устранении основных политических соперников в партии и укреплении своей ведущей позиции.
В 2003 Меркель демонстративно поддержала американское вторжение в Ирак, поехав в США. В 2004 она сумела добиться избрания её кандидата Хорста Кёлера на пост президента Германии.
После неожиданной инициативы Герхарда Шрёдера по досрочным выборам в 2005, Ангела Меркель была избрана ХДС в качестве кандидата на пост федерального канцлера Германии.
Когда Шрёдер решился пойти на досрочные выборы, отрыв ХДС от социал-демократов составлял почти 30 %.
Однако неудачно проведённая Ангелой Меркель избирательная кампания привела к тому, что на выборах их разделили всего 300 тыс. голосов — менее 1 %.
По результатам выборов в бундестаг блок ХДС-ХСС и свободных демократов опередил СДПГ с «зелёными» всего на три голоса. В связи с неспособностью сформировать устойчивое парламентское большинство христианским демократам пришлось пойти на создание «большой» коалиции с СДПГ — во второй раз в истории ФРГ.
Социальные закладки